細胞如何識別為外來物還是自身物種？美國幹細胞基地負責人王福楠醫學博士表示，細胞具有自己外膜上存在的多種胜肽組成的識別碼，是細胞與細胞間、細胞與外界接觸的部分，很大程度上涉及細胞之間相互生物化學信息交流傳達的方式。

    王醫師強調，成功地同種異體幹細胞移植，如匹配的供體及受體之間的骨髓或造血幹細胞移植，很大程度上相互依賴並起作用，因為供體的細胞需要具有與受體的細胞相同的身分代碼。通過匹配的移植，被移植的供體細胞才能被受體的免疫系統識別為「自身細胞」，好似獲得了通行證，如此的幹細胞移植，臨床上才能順利安全。

    王醫師舉例說明，免疫系統本身認為「您是我們的一員，可以共存」，細胞膜上的受體，告訴這些細胞可以存在並生長，但其他的血清蛋白，如：牛血清蛋白，仍粘附在該細胞的表面，告訴人類免疫系統，該物質是外來的，因此，科學家可以使用受體者自身的血清，作為幹細胞製備的一部分材料。

    但必須對諸如B型肝炎、C型肝炎、淋病、梅毒、披衣菌、單純皰疹病毒、愛滋病病毒（HIV-1及HIV-2）及人體T細胞白血病病毒（HTLV-1及HTLV-2)、及巨大細胞病毒（CMV）等病原體進行檢測，否則在細胞製備過程中，將培養出很多細菌或病毒混淆在幹細胞成品中，會造成實驗室及保溫箱的污染。

    另一個潛在污染，可能來自於兩個或多個不同人體的組織樣本，或意外混合在一起。理論上講，體內取出的組織可以與臨床實驗室處理的另一個人的組織，混合交叉污染，或在實驗室處理過程中，經由諸如離心機離心等過程，導致互相交叉污染，甚至導致其後的免疫反應。

    自體幹細胞移植本質上是安全的，某種程度上不會觸發免疫反應。但是自體細胞不一定等同安全，因為有很多不良的因素，可能混雜於幹細胞的製備過程之中，如：使用不清潔的二氧化碳、不清潔的保溫箱等培養的幹細胞。

    自體成人幹細胞療法也可引發免疫反應，如果沒有豐富的經驗、純熟且精良的技術、沒有優質且精良的實驗室及實驗室內空氣循環系統，製備出用於移植的幹細胞中，大部分可能最終會導致幹細胞死亡。幹細胞專家可能認為這些死細胞是無效無害的，實際上會引起臨床上諸多問題，例如大量死亡或已破壞的幹細胞，可釋放出細胞內抗原而引起免疫反應。

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